2021年9月15日甲公司因资不抵债无法偿还到期债务，向人民法院申请破产。9月23日，法院受理了甲公司的破产申请并且指定了管理人。
管理人查明，公司股东李某尚有30万元出资没有缴纳，按照公司章程规定该出资义务是2022年5月1日前缴清，管理人向李某主张缴纳。李某以未到公司章程规定的缴纳期限为由拒绝缴纳。
2021年8月底乙公司与甲公司签订了价款50万元的设备买卖合同，并且约定了所有权保留条款。9月8号甲公司收到设备，但仅支付了10万元就未再支付。甲公司破产申请被受理后，管理人决定解除该合同，且经查该设备现在的价值已经受损，仅价值35万元。乙公司主张取回该设备，并要求甲公司承担设备亏损责任。
2021年破产申请前丙公司委托甲公司保管一批货物，后来丙公司知道甲公司破产后因业务繁忙并没有及时向管理人主张取回，一直到2021年12月底，才向管理人主张取回。此时破产财产变价方案已经通过债权人会议通过，并交给管理人执行。管理人不同意丙公司取回，认为此行为推翻已经通过的变价方案，并且造成的费用较大。
根据上述资料，回答下列问题：
1.股东李某拒绝管理人的理由是否成立？并说明理由。
2.乙公司是否有权取回该设备，并且对于乙公司该设备的财产损失如何处理？并说明理由。
3.公司的破产财产变价方案是否可以由债权人会议通过后直接交由管理人执行？并说明理由。
4.管理人拒绝丙公司取回货物的行为是否合理，相关费用由谁承担？并说明理由。

答案：

本题解析：

1.股东李某拒绝管理人的理由不成立。根据规定，人民法院受理破产申请后，债务人的出资人尚未完全履行出资义务的，管理人应当要求该出资人缴纳所认缴的出资，不受出资期限的限制；出资人以认缴出资尚未届至公司章程规定的缴纳期限或违反出资义务已经超过诉讼时效为由抗辩的，法院不予支持。

2.乙公司有权取回该设备。对于乙公司该设备的财产损失，作为共益债务清偿。根据规定，买受人破产，其管理人决定解除所有权保留买卖合同，出卖人依据规定主张取回买卖标的物的，人民法院应予支持。出卖人取回买卖标的物，买受人管理人主张出卖人返还已支付价款的，人民法院应予支持。取回的标的物价值明显减少给出卖人造成损失的，出卖人可从买受人已支付价款中优先予以抵扣后，将剩余部分返还给买受人；对买受人已支付价款不足以弥补出卖人标的物价值减损损失形成的债权，出卖人主张作为共益债务清偿的，人民法院应予支持。题目中设备原本价值50万，受损后价值35万，损失是15万；而买受人已支付价款10万，出卖人用这10万价款抵扣弥补损失后，还有损失5万是作为共益债务清偿。

3.破产财产变价方案可以由债权人会议通过后直接交由管理人执行。根据规定，管理人应当及时拟订破产财产变价方案，提交债权人会议讨论。管理人应当按照债权人会议通过的或者人民法院依照规定裁定的破产财产变价方案，适时变价出售破产财产。

4.管理人拒绝丙公司取回货物的行为不合理，相关费用由丙公司承担。根据规定，权利人行使取回权，应当在破产财产变价方案或者和解协议、重整计划草案提交债权人会议表决前向管理人提出。权利人在上述期限后主张取回相关财产的，应当承担延迟行使取回权增加的相关费用。因此权利人仍可以取回，只是需要承担延迟取回的相关费用而已。

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