甲公司以乙公司侵犯其注册商标专用权为由请求工商行政管理部门处理。对此，工商行政管理部门的下列做法中哪些是合法的？( )
根据《商标法》第六十条第一款的规定，商标注册人或者利害关系人就侵犯注册商标权的行为，可以向人民法院起诉，也可以请求工商行政管理部门处理，故选项A错误。根据《商标法》第六十条第二款的规定，工商行政管理部门处理时，认定侵权行为成立的，责令立即停止侵权行为，没收、销毁侵权商品和主要用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具，并处罚款。故选项B正确。对于侵权赔偿数额，工商行政管理部门职能进行调解，而非责令具体的赔偿数额。因此选项C错误，选项D正确。综上，本题答案为：B、D。
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