由于种种原因，随着科研经费总量的不断增加，社会对高校科研经费的管理和使用不当的批评之音越来越强。2006年山东省审计高校科研经费发现仅四成直接用于研究，接近六成用于管理费和劳务提成。2007年在湖北省政协九届五次会议上，有政协委员感言，有些单位的科研经费是10%用来打点、50%或以上用于非科研开支，相当多一部分是与项目无关的会议和个人提成。中国科协一份调查报告也提及大量科研经费流失于项目之外。2011年12月，北京市海淀区人民检察院一位检察官接受中国青年报记者采访时发出“如不尽快采取措施，掌握大笔科研经费的教授群体可能沦为新的腐败高发人群”的警告。试运用微观经济学的信息理论分析高校科研经费使用不当的现象。
教育部（或地方政府）和高校做研究的教授之间存在着委托代理问题。委托一代理问题就是：在代理成果取决于代理人的主观努力和其他客观因素时，由于代理人和委托人之间的信息不对称，委托人无法区分代理人的主观因素和客观因素，因而无法有效监督代理人的行为，在这样的委托代理关系中，代理人可能以牺牲委托人的利益为代价去追求他自己的目标。只要存在这样一种（制度）安排，在这种安排中，一个人的利益取决于另一个人的行为时，就会出现委托代理关系；只要委托人和代理人之间掌握的信息不对称，就会产生委托一代理问题。在本案例中，教育部和地方政府是委托人，高校做研究的教授是代理人。高等教育参与国家科学研究，目的是促进学科建设，提高学校的教学质量，取得研究成果，也可以增强高校与社会的联系。而大学教授的利益在取得研究成果外，还有个人经济收入等。目前，高校科研经费使用管理不足，监督机制不健全，使用机制还需完善，这导致大学教授在科研过程中会不合理地使用经费，违规报销与课题无关的支出等现象屡屡发生。由于高校科研经费做不到完全监督，而且监督成本高昂，所以导致了道德风险的发生。再次，由于高校的科研经费经过各级行政管理机构的层层管理和下拨，每一次下拨行政管理机构都有可能发生道德风险问题，这些道德风险层层累积，最终出现多重道德风险问题，多重道德风险问题累积的结果才是本题材料出现高校科研经费使用不当的经济学原因。为了解决高校科研经费使用不当的现象，可以完善科研经费使用的相关制度，强化高校科研经费审计监督。比如适当增加科研管理费，为有工资收入的科研人员增加适当的科研补偿，赋予课题承担单位更大权力支配结余资金等。这样委托人将自己的利益植入到代理人的利益当中，当代理人为自己的利益而采取行动时，也就是为委托人的利益服务了。
